廁所清潔依污垢的類型不同，分別適用不同的清潔劑及清潔方式，以下就廁所常見之不同污垢種類，做簡單介紹，供民眾參考以利清潔廁所時能對症下藥。
1. 黃垢：黃色污垢又被稱作「尿垢」，其命名緣由來自於其污垢成因是由「尿石」所形成的的。尿石即為尿液中所含之尿酸、草酸、蛋白質等與水中存有之碳酸鈣、碳酸鎂結合，形成如石頭般堅硬的頑垢殘留或附著於馬桶內壁，會散發惱人異味。建議定期清潔，以防異味。
2. 黑垢：黑色污垢主要成因為黑色黴菌附著，黴菌喜愛潮濕陰暗之場所，因此常可見其附著於廁所或洗手台磁磚縫隙中。特別注意，若黃垢長期積累，也可能導致黑垢產生，故應定期清潔為佳。
3. 水垢：水垢主要成因為水中所含之鈣鎂離子沉積所產生之沉澱物，此外，水垢除使廁所看來外型不美觀外，也是產生異味的元凶之一，建議定期清除。
不同污垢適用不同清潔劑，如黃垢適用酸性清潔劑，以酸鹼中和之方式去除，而黑垢及水垢皆適用清潔力較佳之中性清潔劑即可輕鬆除去。若家中廁所仍有頑強不易去除之污垢，建議聯繫專業清潔公司派員協助處理。
馬桶清潔前
馬桶清潔後